Việc khấu hao trái phiếu và phương pháp lưu chuyển tiền tệ gián tiếp đều liên quan đến chi phí lãi vay không dùng tiền mặt. Khi giải quyết dòng tiền theo phương pháp gián tiếp, kế toán phải điều chỉnh các khoản chi phí không bằng tiền ra khỏi thu nhập thuần, lợi nhuận kế toán có chứa cả yếu tố chi phí bằng tiền và không bằng tiền. Do đó, với việc khấu hao trái phiếu, kế toán sẽ chiết khấu thêm hoặc điều chỉnh theo phương pháp gián tiếp dòng tiền vào chi phí lãi vay liên quan. Tùy thuộc vào loại khấu hao trái phiếu, điều chỉnh đối với thu nhập ròng có thể là một phép cộng hoặc một phép trừ.
Khấu hao trái phiếu là một quá trình phân bổ số tiền chiết khấu trái phiếu hoặc phí bảo hiểm trái phiếu cho mỗi kỳ trả lãi của trái phiếu trong thời hạn của trái phiếu. Trái phiếu có thể phát hành chiết khấu hoặc trả phí theo mệnh giá khi lãi suất thị trường cao hơn hoặc thấp hơn lãi suất trái phiếu. Trong khi lãi coupon là số tiền trả lãi bằng tiền mặt cho mỗi kỳ trả lãi, thì số khấu hao chiết khấu trái phiếu hoặc khấu hao phí bảo hiểm trái phiếu trong mỗi kỳ sẽ cộng hoặc trừ vào khoản thanh toán coupon của kỳ để tạo thành chi phí lãi vay thực tế được sử dụng thuần tính toán thu nhập.
Phương pháp gián tiếp tính toán dòng tiền từ hoạt động kinh doanh dựa trên thu nhập ròng. Thu nhập ròng không phải là dòng tiền và kế toán phải điều chỉnh điều này bằng cách bao gồm mọi dòng tiền vào và ra không được tính là doanh thu và chi phí, và bằng cách loại trừ mọi khoản thu không phải tiền mặt và chi phí không dùng tiền mặt. Ví dụ, khi kế toán trước đây sử dụng một khoản chi phí không dùng tiền mặt để tính thu nhập ròng, thì kế toán viên sẽ cộng lại số lượng chi phí không bằng tiền mặt để giải quyết dòng tiền. Ngoài ra, khi kế toán không coi dòng tiền ra là một khoản chi phí và không sử dụng nó trong tính toán thu nhập ròng, kế toán phải trừ số tiền không phải chi ra khỏi thu nhập ròng để giải quyết cho dòng tiền.
Việc phân bổ khoản chiết khấu trái phiếu luôn dẫn đến chi phí lãi vay thực tế hoặc hiệu quả cao hơn chi phí trả lãi trái phiếu cho mỗi thời kỳ. Khi một trái phiếu bán với giá chiết khấu, lãi suất thực tế hoặc thị trường sẽ cao hơn lãi suất trên phiếu giảm giá hoặc danh nghĩa. Do đó, kế toán cộng số khấu hao chiết khấu trái phiếu từng kỳ với khoản thanh toán kỳ phiếu bằng tiền mặt để tính vào chi phí lãi vay thực tế để tính thu nhập ròng. Để giải quyết dòng tiền, kế toán cộng phần không phải tiền mặt của chi phí lãi vay trong khoản khấu hao chiết khấu trái phiếu trở lại thu nhập ròng.
Việc phân bổ phí bảo hiểm trái phiếu luôn dẫn đến chi phí lãi vay thực tế hoặc hiệu quả của trái phiếu thấp hơn chi phí trả lãi coupon của trái phiếu cho mỗi thời kỳ. Khi một trái phiếu được bán với mức phí bảo hiểm, lãi suất thực tế hoặc thị trường thấp hơn lãi suất trên phiếu giảm giá hoặc danh nghĩa. Do đó, kế toán trừ khoản khấu hao phí bảo hiểm trái phiếu cho từng thời kỳ từ khoản thanh toán bằng tiền mặt để tính chi phí lãi vay thực tế để tính thu nhập ròng. Để giải quyết dòng tiền, kế toán trừ vào thu nhập ròng do dòng tiền xuất ra, phần thanh toán phiếu giảm giá bằng tiền mặt không được tính là chi phí lãi vay trong khấu hao phí bảo hiểm trái phiếu.