Sở giao dịch chứng khoán Philippines xuất hiện lần đầu tiên vào năm 1993, nhưng lịch sử của nó còn tồn tại lâu hơn nữa. Sàn giao dịch này là sự hợp nhất của Sở giao dịch chứng khoán Manila và Sở giao dịch chứng khoán Makati, tạo ra một sàn giao dịch duy nhất ở Phllippines. Sự hợp nhất cũng là một biểu tượng cho một quốc gia đã chứng kiến sự chia rẽ chính trị mà quốc gia đó có thể hành động theo một hướng riêng.
Sở giao dịch chứng khoán Manila được thành lập vào ngày 8 tháng 8 năm 1927, bởi năm doanh nhân Hoa Kỳ. Nó nằm trong Tòa nhà Insular Life trên Plaza Cervantes, Binondo. Những người sáng lập W.P.G. Elliot, W. Eric Little, Gordon W. Mackay, John J. Russell và Frank W. Wakefield nói rằng họ muốn có một sàn giao dịch chứng khoán phục vụ công chúng, thực hành các tiêu chuẩn đạo đức và duy trì các thông lệ kinh doanh tốt. Họ cũng tuyên bố rằng giao dịch cổ phiếu sẽ kích thích nền kinh tế Philippines. Sở giao dịch chứng khoán Manila chuyển đến Pasig vào năm 1992.
Sở giao dịch chứng khoán Makati trẻ hơn được thành lập ngày 27 tháng 5 năm 1963. Nó cũng có năm thành viên sáng lập:Miguel Campos, Bernard Gaberman, Aristeo Lat, Eduardo Ortigas và Hermenegildo B. Reyes. Bởi vì Philippines đã có một sàn giao dịch chứng khoán đang hoạt động, nên có sự phản đối với sàn thứ hai. Sàn giao dịch, nằm trong Tòa nhà Insular Life ở Makati, không bắt đầu hoạt động cho đến ngày 16 tháng 11 năm 1965. Năm 1971, nó chuyển đến tòa nhà riêng của mình trên Đại lộ Ayala ở Makati.
Mặc dù Philippines có hai sàn giao dịch chứng khoán, nhưng cả hai đều giao dịch cùng một loại cổ phiếu. Họ đang nỗ lực sao chép, nhưng họ có các chính sách khác nhau, các thành viên khác nhau và giá cổ phiếu khác nhau. Rõ ràng là quốc gia này chỉ cần một sàn giao dịch chứng khoán duy nhất.
Tổng thống Philippines Fidel Ramos đã dẫn đầu nỗ lực hợp nhất hai sàn giao dịch làm một. Sở giao dịch chứng khoán Philippines được thành lập vào ngày 14 tháng 7 năm 1992 và đến ngày 23 tháng 12, cả hai sàn giao dịch Makati và Manila đều đồng ý trở thành một phần của nó.
Hội đồng thống đốc đầu tiên của Sở giao dịch chứng khoán Philippines được bầu vào ngày 20 tháng 3 năm 1993. Họ là chủ tịch của sàn giao dịch và 14 nhà môi giới thành viên. Eduardo de los Angelos là chủ tịch đầu tiên của Sở giao dịch chứng khoán Philippines và Eduardo C. Lim là chủ tịch đầu tiên của hội đồng quản trị. Chỉ không lâu sau đó một năm, Ủy ban Chứng khoán và Giao dịch đã cấp cho sở giao dịch chứng khoán giấy phép hoạt động như một sở giao dịch chứng khoán. Giấy phép cho các sàn giao dịch Manila và Makati đã bị hủy bỏ cùng một lúc. Sở giao dịch chứng khoán Philippines có tại Trung tâm Giao dịch Chứng khoán Philippines, Trung tâm Ortigas, Thành phố Pasig và tại PSE Plaza, Đại lộ Ayala, Thành phố Makati. Sở giao dịch chứng khoán Philippines đã có những cải tiến trong mục tiêu trở thành sàn giao dịch sớm nhất. Nó trở thành thành viên của Hiệp hội các cơ quan đánh số quốc gia vào năm 1995. Năm 1998, Ủy ban Chứng khoán và Giao dịch đã biến Sở giao dịch chứng khoán Philippines thành một tổ chức tự quản, cho phép nó tạo ra các quy tắc riêng và áp dụng các hình phạt đối với các thành viên.